3.10.2 Vesiliikenne
Satamarakentaminen sekä laiva- ja veneväylät ovat paikallisesti muuttaneet rantaviivan ja pohjan rakennetta sekä syvyysolosuhteita. Rannikolla on lukuisia pienvenesatamia, mutta niillä ei ole merkittävää vaikutusta minkään vesimuodostuman tilaan. Ulommissa rannikkovesissä rakentaminen on ollut sisempiä rannikkovesiä vähäisempää. Merkittävimmin satama- ja väylärakentamisen vuoksi ovat muuttuneet Oulu, Raahe ja Rahja, joissa on suuria satamia ja niihin liittyviä laivaväyliä. Näiden satamien toimintaa ohjaa ympäristösertifikaatti ISO 14001. Kaikkien satamien välittömässä läheisyydessä toimii teollisuuslaitoksia ja/tai yrityksiä.
Oulun satamakompleksi muodostuu Vihreäsaaren öljysatamasta sekä Oritkarin, Nuottasaaren ja Toppilan satamista. Vuosittain Oulun satamissa vierailee noin 550 alusta ja satamien läpi kulkee 3,6 miljoonaa tonnia rahtia. Raahen satamassa käy vuosittain noin 600 laivaa. Sataman kautta kuljetetaan raaka-aineita ja irtolasteja, terästä, sahatavaraa ja kontteja sekä tehdään projektiluonteisia laivauksia. Kalajoen Rahjan sataman vuotuinen kokonaisliikenne on 350 000 tonnia. Satamassa käy keskimäärin 150 laivaa vuodessa. Sahatun puutavaran lisäksi viedään vaneria, teräsrakenteita, rautaromua, kasvuturvetta, viljaa ja puupellettiä.
Pohjanmaan rannikko on alavaa ja maan kohoaminen 7–9 mm vuodessa lisää mataloituvien alueiden määrää. Luontaisen mataluuden, pohjalla liikkuvan hiekan ja maan kohoamisen lisäksi jokien tuoma kiintoaines lisää väylien kunnossapitotarvetta rannikolla. Raahen laivaväylien syvyys on 8 m ja 10 m, Rahjan tuloväylän ja satama-altaan kulkusyväys on 8,5 metriä. Oulun edustalla on otettu käyttöön 12,5 m syväväylä, jonka ruoppaukset aloitettiin vuonna 2018. Väylän pituus on lähes 80 kilometriä, josta parikymmentä kilometriä on vanhaa väyläpohjaa. Reitti kulkee luontaisia syvänteitä pitkin, minkä ansiosta kunnossapitoruoppausten tarve on aiempaan väylään verrattuna vähentynyt.
Meriliikenteeseen liittyy öljy- ja kemikaalionnettomuuksien uhka. Perämerellä jääolosuhteet ja matalat rannikkoalueet hankaloittavat öljyntorjuntaa. Perämeren alueen öljyntorjuntatukikohta sijaitsee Kalajoen satamassa. Meriliikennettä, kuten öljy- ja kemikaalikuljetuksia ja niiden aiheuttamia riskejä, käsitellään merenhoitosuunnitelmassa.
Painolastivesien mukana voi levitä uusia eliöitä laajoille alueille. Joskus tulokaslajeilla on haitallisia vaikutuksia alkuperäiseen eliöstöön. Rannikon haitallisista lajeista koukkuvesikirppu on tehokas saalistaja. Se kilpailee kotoperäisten petovesikirppujen kanssa ja voi muuttaa koko planktonyhteisön rakennetta. Aikaisemmin koukkuvesikirppua on esiintynyt Hailuodon korkeudella yksittäisiä yksilöitä, mutta elo-syyskuun vaihteessa 2018 massaesiintymä sotki verkkoja Hailuodon ulkomerialueella. Merialueelta on tavattu liejuputkimatoja (Marenzelleria sp), jotka saattavat syrjäyttää luontaisia pehmeiden pohjien lajeja. Ilmastonmuutos voi edesauttaa joidenkin haitallisten lajien leviämistä Itämeressä talviaikaisten lämpötilojen noustessa. Vesienhoitoalueen toimenpiteillä ei voida merkittävästi vaikuttaa merialueen vieraslajeihin. Rannikkoalueen vieraslajeja ja niiden leviämisen ehkäisemiseksi tarvittavia toimenpiteitä on käsitelty tarkemmin merenhoitosuunnitelmassa.
