5.2 Suojelualueet 

Vesienhoidossa kiinnitetään erityistä huomiota sellaisiin elinympäristöjen tai lajien suojeluun määriteltyihin alueisiin, joilla veden tilan ylläpito tai parantaminen on suojelun kannalta tärkeää. Nämä alueet on sisällytetty vesipuitedirektiivin mukaiseen suojelualueiden rekisteriin, johon on Suomessa valittu luonto- ja lintudirektiivin mukaisia alueita. Pääkriteereinä on luontodirektiivin (92/43/ETY) osalta käytetty vesiluontotyyppien, vesissä esiintyvien lajien sekä vesistä suoraan riippuvaisten luontotyyppien ja lajien esiintymistä alueella. Lisäksi on arvioitu alueen merkitystä kyseisten luontotyyppien ja lajien suojelulle. Lintudirektiivin (74/409/ETY) osalta pääkriteereinä ovat olleet vesistä riippuvaiset lajit ja lajit, joille vesielinympäristöt ovat tärkeitä muuton aikaisia ruokailu- ja levähdyspaikkoja sekä alueen merkitys kyseisten lajien suojelulle. Valinnan kriteerinä ovat olleet myös kansallisesti uhanalaiset kalalajit.

Suomessa suojelualueiden valinnassa on lisäksi huomioitu Natura-alueiden suojelun taustalla olevat kansalliset ja kansainväliset suojeluohjelmat, maantieteellinen kattavuus, ympäristöpaineet sekä alueiden yhteys pohjavesialueisiin. Suot on rajattu tarkastelun ulkopuolelle lukuun ottamatta vesistöihin tai pohjavesiin suoraan yhteydessä olevia luhtia ja lähdesoita.

Varsinais-Suomen ja Satakunnan toimenpideohjelma-alueella on 64 elinympäristöjen ja lajien suojeluun määriteltyä Natura-aluetta, jotka ovat merkittäviä vesiluontotyyppien ja lajien suojelun kannalta (kuva 5.1, kappaleessa 5.3). Näistä suurin osa sijaitsee kokonaan tai osittain pintavesissä, ja alueet ovat pääasiassa arvokkaita luontotyyppejä tai lintuvesiä. Yhdeksällä Natura 2000 -kohteella suojelulliset arvot liittyvät voimakkaaseen pohjavesivaikutukseen tai pienvesiarvoihin. Nämä alueet on suojeltu luontodirektiivin perusteella ja alueet käsittävät yhteensä 27 pohjavesialuetta. Lounais-Suomen pohjavesialueista 60 eli noin 20 prosenttia sijaitsee Natura 2000 -alueilla tai niiden välittömässä läheisyydessä. Natura-aluekohtaiset tarkemmat tiedot on koottu taulukkoon liitteessä 1.