14.1.1 Joet

Toimenpideohjelma-alueen jokivesistöt ovat monimuotoisia ja poikkeavat toisistaan huomattavasti ominaisuuksiensa perusteella. Alueella on sekä turvemaiden, kangasmaiden että savimaiden jokia. Saaristomeren valuma-alue on intensiivistä maatalousaluetta ja maatalouden hajakuormituksen vaikutukset näkyvät erityisesti Paimionjoessa, Aurajoessa, Halikonjoessa, Uskelanjoessa ja Raisionjoki-Ruskonjoessa. Näillä vesistöille ovat tyypillisiä laajat, paikoin jyrkästi jokea kohti kaltevat pellot ja eroosioherkkä maaperä. Saaristomeren valuma-alueen joet kuuluvat pääasiassa savimaiden jokiin, ainoastaan Kiskonjoen vesistöalueella on kangasmaiden jokia. Laajoki ja Mynäjoen alaosa ovat turvemaiden jokia.

Eurajoen-Lapinjoen-Sirppujoen osa-alueella Eurajoen vesistöalueen joet kuuluvat savimaiden jokiin, samoin Loimijoki ja siihen laskevat sivujoet Kokemäenjoen alaosan-Loimijoen osa-alueella. Kangasmaiden jokia on Lapinjoen, Sirppujoen ja Kokemäenjoen vesistöalueilla ja Karvianjoen osa-alueen joet taas kuuluvat kaikki turvemaiden jokiin. Suurimmat joet on jaettu 2–3 vesimuodostumaan.

Luokiteltuja jokia tai niiden osia on Varsinais-Suomen ja Satakunnan toimenpideohjelma-alueella yhteensä 94 kpl. Näistä 8 sijaitsee Pirkanmaan puolella Kokemäenjoen alaosan- Loimijoen suunnittelualueella. Suurin osa toimenpideohjelma-alueen jokivesistä on tyydyttävässä ekologisessa tilassa: lukumäärästä lähes 60 % (55 kpl) ja jokipituudesta 52 %. Välttävässä tilassa on 29 % (27 kpl) lukumäärästä ja 38 % jokipituudesta. Hyvässä ekologisessa tilassa on vain 12 % (11 kpl) lukumäärästä ja 9 % jokipituudesta.  Erinomaiseen tilaan luokiteltuja jokia ei ole lainkaan. Hyvässä tilassa olevat joet sijaitsevat pääasiassa Satakunnassa mm. Merikarvianjoki, Pohjajoki ja Harjunpäänjoki ja Varsinais-Suomen puolella vain kolme jokea Mynäjoen yläosa, Varesjoki ja Kärkelänjoki. Huonoon tilaan on luokiteltu erittäin runsasravinteinen Raisionjoki-Ruskonjoki.

Jokien tilaa heikentää pääasiassa liiallisesta ravinnekuormituksesta johtuva rehevöityminen. Hajakuormitus on voimakkainta Varsinais-Suomen savimaiden jokien valuma-alueilla ja muillakin tehokkaasti viljellyillä ja eroosioherkillä savimailla kuten Loimijoella. Näillä alueilla jokivesien ekologinen tila on pääasiassa välttävä. Etenkin Kokemäenjoen ja Eurajoen tilaan vaikuttaa yhä myös pistekuormitus, vaikka Kokemäenjoen tila onkin parantunut huomattavasti pitkällä aikavälillä. Jokien tilaa koko alueella heikentävät lisäksi vanhojen perkausten ja patojen aiheuttamat hydro-morfologiset muutokset sekä säännöstely. Etenkin Satakunnassa vesistöjä on aikoinaan perattu laajasti. Paikallisesti jokivesien tilaa heikentää myös turvetuotanto etenkin Karvianjoen vesistöalueella.