6.2.2 Koitajoen alue

Koitajoen valuma-alue on pinta-alaltaan 6 630 km². Siitä lähes puolet on Venäjän puolella. Alueen merkittävin järvi on 165 km²:n  suuruinen Koitere, johon laskee vesiä lähes 1 000 km²:n laajuiselta Haapajoen alueelta sekä Suomunjoen, Ukonjoen ja Käenjoen valuma-alueilta. Vedet virtaavat Koitereesta valtaosin Pamilon voimalaitoksen kautta Jäsykseen ja edelleen Pielisjoen Rahkeenveteen. Ala-Koitajoen alkuperäinen uoma on suljettu Hiiskosken padolla Pamilon voimalaitoksen tarpeisiin. Vanha jokiuoma on edelleen potentiaalinen äärimmäisen uhanalaisen järvilohen lisääntymisalue.

Koitajoen alueella on vesimuodostumia kaikkiaan 104, 70 järveä ja 34 jokea. Alueen vesistöt ovat tyypillisesti humuspitoisia, mutta vähähumuksisia, pieniä järviä ja lampia on myös esim. Putkelanharjun alueella. Koitajoen alueelta Suomen puolella on yhteensä kuutisenkymmentä yli 50 hehtaarin järveä. Näistä yli 5 km²:n kokoisia on 13 (liite 2). Reitin järvistä Koitere on tyypiltään suuri humusjärvi, Nuorajärvi matala runsashumuksinen, Viiksinselkä runsashumuksinen järvi ja Sysmä keskikokoinen humusjärvi. 

Keskikokoisia tai sitä suurempia jokia on 15, ja ne ovat kaikki tyypiltään turvemaiden jokia. Koitajoki on jaettu kahdeksi muodostumaksi: Nuorajärvestä Tekojärveen/Heinäselkään ulottuva alajuoksu on tyypiltään suuri ja yläjuoksu keskisuuri turvemaiden joki. Myös Ala-Koitajoki (vanha uoma) on luontaiselta tyypiltään suuri turvemaiden joki. Nuorajärven alapuolinen Koitajoki on kalataloudellisesti arvokkaan uhanalaisen planktonsiian luontaista lisääntymisaluetta.